Το 1849 κλήθηκε από το πανεπιστήμιο του Στρασβούργου ως καθηγητής χημείας και το 1854 εγινε πρύτανις της επιστημονικής έδρας στο πανεπιστήμιο της Λίλ. Εκεί άρχισε να ασχολείται με την ζύμωση παρακινούμενος από το πρόβλημα που αντιμετώπιζαν οι παραγωγοί κρασιού και μπύρας με το ξύνισμα των προϊόντων, αλλά και οι παραγωγοί γάλακτος με το ξύνισμα του γάλακτος. Οι επιστήμονες της εποχής θεωρούσαν ότι η ζύμωση ηταν φαινόμενο χημικό. Μετά από παρατηρήσεις και πειράματα κατέληξε στο συμπέρασμα ότι η ζύμωση οφείλεται σε μικροοργανισμούς και κυρίως τα ένζυμα οι οποίοι υπάρχουν εντός των τροφών αλλά δεν είναι δυνατόν να παράγονται εντός αυτών από ανόργανες πρώτες υλες, όπως πιστευόταν μέχρι τότε, αλλά προϋπάρχουν πάντα σαν ζώντες οργανισμοί στην ατμόσφαιρα και από εκεί εισέρχονται στις τροφές. Ετσι βρήκε ότι το ξύνισμα του κρασιού και του γάλακτος οφείλεται σε βλαβερούς και επομένως ανεπιθύμητους μικροοργανισμούς. Αυτούς κατάφερε να τους εξολοθρεύσει με την θέρμανση του γάλακτος σε μία ορισμένη θερμοκρασία (60°-70° C) η οποία ενώ σκοτώνει ολους τους βλαβερούς μικροοργανισμούς που προκαλούν αλλοίωση, επιτρέπει την παραμονή άλλων οργανισμών και δεν άλλοιώνονται οι ιδιότητες του προϊόντος ενώ μπορεί ετσι να διατηρηθεί περισσότερο. Αυτή η μέθοδος είναι η γνωστή «παστερίωση» που χρησιμοποιείται ευρέως και σήμερα και πήρε το όνομά της από τον εφευρέτη της. Ασχολήθηκε επίσης και έλυσε το πρόβλημα της μόλυνσης των αυγών του μεταξοσκώληκα η οποία ειχε δημιουργήσει τεράστιο πρόβλημα στην παραγωγή μεταξιού, ανακαλύπτοντας τους βάκιλλους που επέφεραν την μόλυνση και προτείνοντας αποτελεσματικό τρόπο πρόληψης.
Ασχολήθηκε επίσης με την ασθένεια της χολέρας των πουλερικών ανακαλύπτοντας ότι πουλερικά που ειχαν νοσήσει μετά από προσβολή εξασθενημένου βακτήριου της νόσου, δεν πέθαναν. Αυτό λοιπόν που σκέφτηκε και πρότεινε δεν ηταν άλλο από την ηθελημένη προσβολή των πουλερικών με εξασθενημένα βακτήρια της νόσου δηλαδή αυτό που σήμερα ονομάζουμε εμβολιασμό. Ασχολήθηκε ακόμη και με την νόσο του άνθρακα των βοοειδών, και την λύσσα, αρρώστεια που ηταν πολύ διαδεδομένη την εποχή εκείνη.
Το 1857 ονομάστηκε διευθυντής επιστημονικών μελετών στο κολλέγιο καθηγητών του Παρισιού, το 1862 σε ηλικία 40 ετών εξελέγη μέλος της Ακαδημίας επιστημών και το 1882 εξελέγη μέλος της Γαλλικής Ακαδημίας. Το 1888 εγκαινιάστηκε το Ινστιτούτο Παστέρ στο Παρίσι το οποίο ο ιδιος διήυθυνε μέχρι το θανατό του το 1895 σε ηλικία 73 ετών.
Ο Παστέρ εφερε πραγματική επανάσταση στην επιστημονική μεθοδολογία του 19ου αιώνα αντιμετωπίζοντας τις ασθένειες στο φυσικό περιβάλλον που αυτές αναπτύσσονταν και με την παρατήρηση, το πείραμα και το χάρισμα της επιστημονικής σκέψης που ειχε, προσδιόριζε τους υπεύθυνους παράγοντες και υποδείκνυε το φάρμακο και την θεραπεία.
Ο Λουϊ Παστέρ (Louis Pasteur) γεννήθηκε στις 27 Δεκεμβρίου 1822 στο Ντόλ της Γαλλίας και θεωρείται ο ιδρυτής της σύγχρονης μικροβιολογίας. Είναι δε μικροβιολογία ο τομέας της βιολογίας που μελετά τη δομή και τις λειτουργίες των μικροοργανισμών που δεν είναι ορατοί με γυμνό μάτι όπως βακτήρια, μήκυτες, ενζυμα, πρωτόζωα και άλλα. Αφού τελείωσε τις εγκύκλιες σπουδές του στο Αρμπουά και την Μπεζανσόν, το 1843 σε ηλικία 21 ετών έγινε δεκτός στο περίφημο κολλέγιο καθηγητών στο Παρίσι (Ecole Normale Superieure) οπου και έγινε διδάκτωρ επιστημών το 1847 σε ηλικία 25 ετών. Τότε παρουσίασε ενώπιον της ακαδημίας επιστημών του Παρισιού μια πρωτότυπη εργασία για την ανακάλυψη της δυνατότητας διαχωρισμού κάποιων χημικών ενώσεων σε δυο «συστατικά» που το ένα ηταν είδωλο η καθρέπτης του άλλου (κάτι σαν δεξί-αριστερό γάντι). Το ένα από τα δύο αυτά συστατικά μπορουσε να αποτελέσει τροφή για μικροοργανισμούς και να αφομοιωθεί από αυτούς ενώ το άλλο, που καλείται σήμερα «οπτικός αντίποδας» όχι. Ετσι αναπτύχθηκε η θεωρία της «μοριακής ασσυμετρίας» που επιβεβαιώνει ότι οι βιολογικές ιδιότητες των χημικών ουσιών δεν εξαρτώνται μόνο από την φύση των ατόμων που αποτελούν το μόριό τους αλλά και από τον τρόπο που τα άτομα αυτά διατάσσονται στον χώρο. Το 1849 κλήθηκε από το πανεπιστήμιο του Στρασβούργου ως καθηγητής χημείας και το 1854 εγινε πρύτανις της επιστημονικής έδρας στο πανεπιστήμιο της Λίλ. Εκεί άρχισε να ασχολείται με την ζύμωση παρακινούμενος από το πρόβλημα που αντιμετώπιζαν οι παραγωγοί κρασιού και μπύρας με το ξύνισμα των προϊόντων, αλλά και οι παραγωγοί γάλακτος με το ξύνισμα του γάλακτος. Οι επιστήμονες της εποχής θεωρούσαν ότι η ζύμωση ηταν φαινόμενο χημικό. Μετά από παρατηρήσεις και πειράματα κατέληξε στο συμπέρασμα ότι η ζύμωση οφείλεται σε μικροοργανισμούς και κυρίως τα ένζυμα οι οποίοι υπάρχουν εντός των τροφών αλλά δεν είναι δυνατόν να παράγονται εντός αυτών από ανόργανες πρώτες υλες, όπως πιστευόταν μέχρι τότε, αλλά προϋπάρχουν πάντα σαν ζώντες οργανισμοί στην ατμόσφαιρα και από εκεί εισέρχονται στις τροφές. Ετσι βρήκε ότι το ξύνισμα του κρασιού και του γάλακτος οφείλεται σε βλαβερούς και επομένως ανεπιθύμητους μικροοργανισμούς. Αυτούς κατάφερε να τους εξολοθρεύσει με την θέρμανση του γάλακτος σε μία ορισμένη θερμοκρασία (60°-70° C) η οποία ενώ σκοτώνει ολους τους βλαβερούς μικροοργανισμούς που προκαλούν αλλοίωση, επιτρέπει την παραμονή άλλων οργανισμών και δεν άλλοιώνονται οι ιδιότητες του προϊόντος ενώ μπορεί ετσι να διατηρηθεί περισσότερο. Αυτή η μέθοδος είναι η γνωστή «παστερίωση» που χρησιμοποιείται ευρέως και σήμερα και πήρε το όνομά της από τον εφευρέτη της. Ασχολήθηκε επίσης και έλυσε το πρόβλημα της μόλυνσης των αυγών του μεταξοσκώληκα η οποία ειχε δημιουργήσει τεράστιο πρόβλημα στην παραγωγή μεταξιού, ανακαλύπτοντας τους βάκιλλους που επέφεραν την μόλυνση και προτείνοντας αποτελεσματικό τρόπο πρόληψης.
Ασχολήθηκε επίσης με την ασθένεια της χολέρας των πουλερικών ανακαλύπτοντας ότι πουλερικά που ειχαν νοσήσει μετά από προσβολή εξασθενημένου βακτήριου της νόσου, δεν πέθαναν. Αυτό λοιπόν που σκέφτηκε και πρότεινε δεν ηταν άλλο από την ηθελημένη προσβολή των πουλερικών με εξασθενημένα βακτήρια της νόσου δηλαδή αυτό που σήμερα ονομάζουμε εμβολιασμό. Ασχολήθηκε ακόμη και με την νόσο του άνθρακα των βοοειδών, και την λύσσα, αρρώστεια που ηταν πολύ διαδεδομένη την εποχή εκείνη.
Το 1857 ονομάστηκε διευθυντής επιστημονικών μελετών στο κολλέγιο καθηγητών του Παρισιού, το 1862 σε ηλικία 40 ετών εξελέγη μέλος της Ακαδημίας επιστημών και το 1882 εξελέγη μέλος της Γαλλικής Ακαδημίας. Το 1888 εγκαινιάστηκε το Ινστιτούτο Παστέρ στο Παρίσι το οποίο ο ιδιος διήυθυνε μέχρι το θανατό του το 1895 σε ηλικία 73 ετών.
Ο Παστέρ εφερε πραγματική επανάσταση στην επιστημονική μεθοδολογία του 19ου αιώνα αντιμετωπίζοντας τις ασθένειες στο φυσικό περιβάλλον που αυτές αναπτύσσονταν και με την παρατήρηση, το πείραμα και το χάρισμα της επιστημονικής σκέψης που ειχε, προσδιόριζε τους υπεύθυνους παράγοντες και υποδείκνυε το φάρμακο και την θεραπεία.